Сигналы с кнопок приходят на микроконтроллер D2 через резисторы R1, R2. Проверьте качество пайки резисторов.
При помощи лупы проверьте качество пайки микросхемы D2. Все компоненты конструктора проходят 100% контроль перед упаковкой, однако во время пайки возможно попадание олова на контакты ранее установленных компонентов. Убедитесь, что на плате отсутствуют паразитные замыкания контактов.
При падении напряжения питания ниже 3 В (питание часов от разряженных батареек) также возможна частичные сбои в работе кнопок, т.к. схема рассчитана на рабочее напряжение 5 В.